Re: Eutilities

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Re: Eutilities

Fields, Christopher J
Hi Guido,

For support please keep the bioperl list included (I have cc’d it).  

I haven’t extensively tested the proxy settings but this hasn’t popped up before.  Is this is a fairly recent change? I know that HTTP is no longer supported by NCBI; you must use HTTPS (the last release should address this).  Otherwise, can you file this as a bug report?


Thanks,

chris

From: "[hidden email]" <[hidden email]>
Date: Friday, November 4, 2016 at 1:46 AM
To: Chris Fields <[hidden email]>
Subject: Eutilities

Hi Christopher,

 

I have a problem to retrieve entrez by your tool.

I think I have problems with the proxy settings.

 

When I use LWP::UserAgent it works.

 

How to set the proxy with your pm?

 

Thanks in advance.

 

Guido from old germany

 

#!perl

use Bio::DB::EUtilities;

use LWP::UserAgent;

use strict;

use warnings;

 

my $ua = LWP::UserAgent -> new (env_proxy => 1,

                                                              keep_alive => 1,

                                                              timeout => 30);

#$ua->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );

#my $response = $ua -> get('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&rettype=gb&db=nucleotide&tool=bioperl&id=gb%7CAL022723&usehistory=n');

#my $text = $response -> as_string;

#print substr($text,0,1000) , "\n";

 

 

my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);

my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(

                                                                                                                                            

                                               -eutil => 'efetch',

                                    -email => [hidden email]',

                                    -db => 'pubmed',

                                    -retmode => 'xml',

                                    -id => \@ids);

$factory ->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );                                                                

print $factory -> get_Response->content;

 

 

 

 

 

Mit freundlichen Grüßen

Dr. Guido Laucke

 

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH

Dr. Guido Laucke

Projektleiter / Bereich Klinische Verfahren

 

Ratzeburger Allee  160 | 23538 Lübeck

Tel.: 0451 500-92976, Fax: -3054

[hidden email]|www.uksh.de

 

 

Besucheranschrift

Maria-Goeppert-Straße 7 | MFC IV | 23562 Lübeck

 

cid:image004.png@01D1A241.F61B8E30

 

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH

Sitz der Gesellschaft: Lübeck

Geschäftsführer: Prof. Dr. Jens Scholz, Uta Knöchel, Dr. Ralf Gieseke

Handelsregister: HRB 10061 HL Amtsgericht Lübeck

 


Universitätsklinikum Schleswig-Holstein

Rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und der Universität zu Lübeck

 

Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Jens Scholz (Vorsitzender), Peter Pansegrau, Christa Meyer

Vorsitzender des Aufsichtsrates: Rolf Fischer

Bankverbindungen:
Förde Sparkasse IBAN: DE14 2105 0170 0000 1002 06 SWIFT/BIC: NOLA DE 21 KIE
Commerzbank AG IBAN: DE17 2308 0040 0300 0412 00 SWIFT/BIC: DRES DE FF 230


Diese E-Mail enthält vertrauliche Informationen und ist nur für die Personen bestimmt, an welche sie gerichtet ist.
Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, bitten wir Sie, uns hiervon unverzüglich zu unterrichten und die E-Mail zu vernichten.

Wir weisen darauf hin, dass der Gebrauch und die Weiterleitung einer nicht bestimmungsgemäß empfangenen E-Mail und ihres Inhalts gesetzlich verboten sind und ggf. Schadensersatzansprüche auslösen können.


_______________________________________________
Bioperl-l mailing list
[hidden email]
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
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Re: Eutilities

Fields, Christopher J
This should be already in place with the latest CPAN release, I'll check

Sent from my iPhone

On Nov 4, 2016, at 8:04 AM, "[hidden email]" <[hidden email]> wrote:

Hi,

It was NOT a problem of proxy setting…

 

https =>http in

 

I changed in Eutilsparameter.pm

my $HOSTBASE = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';

it was my $HOSTBASE = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';

 

Maybe that helps others…

 

Greetings

Guido

 

 

 

Von: Fields, Christopher J [[hidden email]]
Gesendet: Freitag, 4. November 2016 13:06
An: Laucke, Guido
Cc: BioPerl List
Betreff: Re: Eutilities

 

Hi Guido,

 

For support please keep the bioperl list included (I have cc’d it).  

 

I haven’t extensively tested the proxy settings but this hasn’t popped up before.  Is this is a fairly recent change? I know that HTTP is no longer supported by NCBI; you must use HTTPS (the last release should address this).  Otherwise, can you file this as a bug report?

 

 

Thanks,

 

chris

 

From: "[hidden email]" <[hidden email]>
Date: Friday, November 4, 2016 at 1:46 AM
To: Chris Fields <[hidden email]>
Subject: Eutilities

 

Hi Christopher,

 

I have a problem to retrieve entrez by your tool.

I think I have problems with the proxy settings.

 

When I use LWP::UserAgent it works.

 

How to set the proxy with your pm?

 

Thanks in advance.

 

Guido from old germany

 

#!perl

use Bio::DB::EUtilities;

use LWP::UserAgent;

use strict;

use warnings;

 

my $ua = LWP::UserAgent -> new (env_proxy => 1,

                                                              keep_alive => 1,

                                                              timeout => 30);

#$ua->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );

#my $response = $ua -> get('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&rettype=gb&db=nucleotide&tool=bioperl&id=gb%7CAL022723&usehistory=n');

#my $text = $response -> as_string;

#print substr($text,0,1000) , "\n";

 

 

my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);

my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(

                                                                                                                                            

                                               -eutil => 'efetch',

                                    -email => [hidden email]',

                                    -db => 'pubmed',

                                    -retmode => 'xml',

                                    -id => \@ids);

$factory ->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );                                                                

print $factory -> get_Response->content;

 

 

 

 

 

Mit freundlichen Grüßen

Dr. Guido Laucke

 

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH

Dr. Guido Laucke

Projektleiter / Bereich Klinische Verfahren

 

Ratzeburger Allee  160 | 23538 Lübeck

Tel.: 0451 500-92976, Fax: -3054

[hidden email]|www.uksh.de

 

 

Besucheranschrift

Maria-Goeppert-Straße 7 | MFC IV | 23562 Lübeck

 

<image001.png>

 

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH

Sitz der Gesellschaft: Lübeck

Geschäftsführer: Prof. Dr. Jens Scholz, Uta Knöchel, Dr. Ralf Gieseke

Handelsregister: HRB 10061 HL Amtsgericht Lübeck

 

 

Universitätsklinikum Schleswig-Holstein

Rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und der Universität zu Lübeck

 

Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Jens Scholz (Vorsitzender), Peter Pansegrau, Christa Meyer

Vorsitzender des Aufsichtsrates: Rolf Fischer

Bankverbindungen:
Förde Sparkasse IBAN: DE14 2105 0170 0000 1002 06 SWIFT/BIC: NOLA DE 21 KIE
Commerzbank AG IBAN: DE17 2308 0040 0300 0412 00 SWIFT/BIC: DRES DE FF 230

 

Diese E-Mail enthält vertrauliche Informationen und ist nur für die Personen bestimmt, an welche sie gerichtet ist.
Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, bitten wir Sie, uns hiervon unverzüglich zu unterrichten und die E-Mail zu vernichten.

Wir weisen darauf hin, dass der Gebrauch und die Weiterleitung einer nicht bestimmungsgemäß empfangenen E-Mail und ihres Inhalts gesetzlich verboten sind und ggf. Schadensersatzansprüche auslösen können.


Universitätsklinikum Schleswig-Holstein

Rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und der Universität zu Lübeck

 

Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Jens Scholz (Vorsitzender), Peter Pansegrau, Christa Meyer

Vorsitzender des Aufsichtsrates: Rolf Fischer

Bankverbindungen:
Förde Sparkasse IBAN: DE14 2105 0170 0000 1002 06 SWIFT/BIC: NOLA DE 21 KIE
Commerzbank AG IBAN: DE17 2308 0040 0300 0412 00 SWIFT/BIC: DRES DE FF 230


Diese E-Mail enthält vertrauliche Informationen und ist nur für die Personen bestimmt, an welche sie gerichtet ist.
Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, bitten wir Sie, uns hiervon unverzüglich zu unterrichten und die E-Mail zu vernichten.

Wir weisen darauf hin, dass der Gebrauch und die Weiterleitung einer nicht bestimmungsgemäß empfangenen E-Mail und ihres Inhalts gesetzlich verboten sind und ggf. Schadensersatzansprüche auslösen können.


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Bioperl-l mailing list
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http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l

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